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易致肝肾受损
很多抗生素都是通过肝脏和肾脏代谢的，在其代谢过程中已经对肝、肾器官产生损害，而孩子体内的各种器官尚未发育成熟，更容易遭到抗生素的残害或潜在的残害，首当其冲就是肝、肾两个器官。
另外，庆大霉素、丁胺卡那等容易造成儿童耳聋，环丙沙星等对孩子软骨有潜在损害，氯霉素则可导致骨髓抑制和儿童灰色综合征。
造成二重感染
如果在病毒感染早期，大量应用抗生素也可使体内菌群失调，有利于病毒繁殖，出现抗生素相关性腹泻，加重患儿病情；
还会增加小孩对药物的过敏反应，导致小孩二重感染、真菌感染以及湿疹、哮喘等疾病。
过早用抗生素会增加幼儿患哮喘风险
许多研究证实，新生儿期和婴儿期应用抗生素可导致肠道菌群的改变，增加哮喘的发病风险。2011年1月，挪威科技大学公布的一份研究报告说，如果孩子在胎儿时期接触过抗生素，或者在出生后不久接受过抗生素治疗，那么他们日后患哮喘的风险可能增加。
研究人员指出，孩子过早接触抗生素有可能造成其肠道有益菌群被破坏，导致形成“不成熟”的免疫系统，引发过敏反应，从而提高患哮喘的风险。
2012年3月，加拿大不列颠哥伦比亚大学研究人员发表的一份研究报告显示，儿童使用抗生素可能会增加他们过敏性哮喘的发病率和严重程度。
研究人员在新生和成年小鼠身上分别使用链霉素和万古霉素这两种抗生素。他们观察后发现，链霉素对新生小鼠没有太大的副作用，但万古霉素却导致它们出现肠道菌群失调并患上严重的哮喘。相比而言，成年小鼠没有出现任何症状。
出现耐药性
大量使用抗生素无疑是对致病菌抗药能力的“锻炼”，在绝大多数普通细菌被杀灭的同时，原先并不占优势的具有抗药性的致病菌却存留了下来，并大量繁衍。
而且由于药物长期刺激，使一部分致病菌产生变异、成为耐药菌株。如果细菌出现耐药性，一旦生病，就会用更多的抗生素对抗致病菌，致病菌为了抵抗抗生素就会加速基因变异。
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