基因疫苗又称是DNA疫苗，DNA疫苗指的是即利用DNA技术将编码外源性抗原的基因插入到含真核表达系统的质粒上，然后将质粒直接导入人或动物体内，让其在宿主细胞中表达抗原蛋白，诱导机体产生免疫应答。抗原基因在一定时限内的持续表达，不断刺激机体免疫系统，使之达到防病的目的。
基因疫苗与传统疫苗相比，基因疫苗具有以下显著的优越性：1、质粒DNA非常稳定，易于贮存和运输，使用方便。而且制备简单，容易大量生产，成本低。对于毒性大、危险的病毒，以及难以提取抗原的疫苗，基因疫苗的制备相对安全，容易得多。2、质粒DNA在宿主体内可较长时间存在，抗原基因在体内持续表达产生抗原蛋白，不断刺激机体免疫系统产生长程免疫，免疫效果可靠。3、基因疫苗不仅可以产生体液免疫应答，而且可以导致细胞毒T淋巴细胞激活而诱导细胞免疫，而传统的疫苗只有活苗可诱导细胞免疫，但存在活疫苗的毒力回升的危险。4、用核心蛋白保守DNA序列制备的基因疫苗对病原体(细菌或病毒)的各变异亚型都可产生免疫应答，从而避免因病原体变异而造成的免疫逃避问题。5、一个质粒载体可克隆多个抗原基因组成多价苗，从而一种基因疫苗可预防多种疾病。6、质粒DNA无免疫原性，不会像重组疫苗那样诱发针对载体的自身免疫反应。
影响基因疫苗效果的因素很多，主要有：(1)质粒载体骨架机构：一般说来，质粒中内含子序列、多聚A序列和免疫刺激序列，都会影响免疫效果。(2)免疫质粒DNA的给药剂量和导入细胞的效率：免疫的剂量越大，进入细胞的DNA就越多，产生的免疫效果越好。(3)抗原蛋白在宿主细胞的表达效率。(4)免疫次数、注射方式和给药途径。
