子鉴定在中国古代就已有之，如滴骨验亲、滴血验亲等。现代的亲子鉴定就是利用医学、生物学和遗传学的理论和技术，从子代和亲代的形态构造或生理机能方面的相似特点，分析遗传特征，判断父母与子女之间是否是亲生关系。
判定亲生关系的理论依据是孟德尔遗传的分离律。按照这一规律，在配子细胞形成时，成对的等位基因彼此分离，分别进入各自的配子细胞。精、卵细胞受精形成子代，孩子的两个基因组一个来自母亲，一个来自父亲;因此同对的等位基因也就是一个来自母亲，一个来自父亲。鉴定结果如果符合该规律，则不排除亲生关系，若不符合，则排除亲生关系(变异情况除外)。在大多数的情况下，母、子关系是已知的，要求鉴定假设父和孩子是否亲生关系。此时首先从母、子基因型的对比中，可以确定孩子基因中可能来自父亲的基因(生父基因，OG)。然后观察假设父亲的基因型，如果不具有生父基因，则可排除假设父与孩子的亲生关系。
原始的亲子鉴定方法有外貌对比、滴骨验亲和滴血验亲。由于遗传的原因，父子、母子、兄弟姐妹之间的长相、肤色等一般都会有某些相似的地方，通过外貌长相的对比来确定亲子关系恐怕是最原始的方法，但这样方法只是一种猜测、判断，作为一种参考。滴骨验亲法就是将生者的血液滴在死人的骨骸上，若血液能渗透入骨则断定生者与死者有血源关系，否则就没有。据从现代的观点来看，这种方法并不科学，但开创了用血型鉴别血源关系的先河。滴血验亲法又称合血验亲法，就是将小孩的血与大人的血液放在一起，如果能融在一起，就是父母亲生的，否则就不是亲生的。这种认样方法曾在中国宋代的法医著作里里记载过。这种方法没有科学依据，亲子关系的血液不一定能融合，而非亲子关系的血倒有可能融合。
现代的亲子鉴定方法有血型测试、染色体多态性鉴定和DNA鉴定。血型测试进行亲子鉴定就是通过对血型的检验比对来确亲子关系。依据19世纪末被确认的孟德尔遗传定律，人们认识到人类的血型是按照遗传基因传为下一代，故一定血型的父母所生子女也具有相应的血型，这为血型鉴定亲子关系奠定了基础。20世纪80年代，医学家们又开创了使用染色体多态性鉴定亲子关系的技术，染色体多态性又称异态性，是指正常人群中常见的各种染色体形态的微小变异(如：随体增大、重复或缺如，着比粒区的荧光强度变异等)，这种多态是可以遗传的。这项技术就是利用其形态来鉴定亲子关系，这要靠技术人员的主观判断，其准确率也不尽如人意。鉴定亲子关系目前用得最多的是DNA分型鉴定。人的血液、毛发、唾液、口腔细胞等都可以用于用亲子鉴定，十分方便。利用DNA进行亲子鉴定，只要作十几至几十个DNA位点作检测，如果全部一样，就可以确定亲子关系，如果有3个以上的位点不同，则可排除亲子关系，有一两个位点不同，则应考虑基因突变的可能，加做一些位点的检测进行辨别。
