中医认为，其病性早期属热证、实证，为湿热、毒火阻滞肝脉；后期则伴有肝肾不足。治疗主要是根据症状、体征，结合舌脉，一般将该病分为三型，即湿热下注、毒热蕴结、肾气不足，分别给予不同的治疗方法。
1.属于湿热下注证的生殖器疱疹，常见生殖器部位水疱成簇，周边有红晕，或有糜烂，有轻痒，可见小便黄赤，口苦，口渴，舌红苔黄腻，脉弦滑。这是由于素日喜肥甘厚味，辛辣之品，或嗜烟酒，损伤脾胃，脾失健运，水湿内蕴，郁而化热，湿热之邪下注肝经所致。湿热蕴积于下焦，注于阴部，发为生殖器疱疹。治疗法则宜清热除湿，方药常以龙胆泻肝汤加减：龙胆草10g 山栀10g 黄芩10g 柴胡10g 车前子(包)10g 生地10g 当归10g 木通10g 生甘草10g。方中龙胆草清泻肝经湿热；山栀、黄芩、柴胡配合龙胆草清肝利胆；车前子、木通清热利湿；生地、当归凉血活血；生甘草调和诸药。水疱大、糜烂渗液者，加生苡仁30g，茵陈10g；大便秘结者，加生大黄6g(后下)。现有中成药龙胆泻肝丸,每次6～8克,每日3次,温开水送服。
2. 属于毒热蕴结证的生殖器疱疹，见阴部疱疹大而红，局部肿胀，疼痛明显，腹股沟淋巴结肿大，或有低热，排尿困难，舌红绛，脉滑数。这是由于不洁性交，外染淫毒，毒热结聚阴部，蕴结于局部皮肤粘膜所致。治疗法则宜清热解毒，常以方药为清毒神圣汤加减：金银花30g 天花粉30g 蒲公英30g 当归15g 生甘草10g 板蓝根30g。方中金银花清热解毒为主药；天花粉排毒驱腐；蒲公英、板蓝根配合主药加强治疗作用；当归、生甘草养血活血，调和诸药。如小便黄赤，排尿疼痛困难者，加马鞭草15g，天葵子10g，淡竹叶10g；淋巴结肿大疼痛者，加地丁30g，夏枯草10g。
3.属于肾气不足证的生殖器疱疹，常见于复发性阴部疱疹，疱疹干涸较小，无自觉症状，但经常复发。这是由于肾气不足，淫毒之邪未尽所致。肾开窍于前后二阴，或由于房劳过度，或由于湿热、淫毒久稽，耗伤肾阴；日久阴损及阳，也可造成肾阳不足。肾阴肾阳是人体最宝贵的物质，统帅着人体全身的阴阳，当肾阴肾阳受损后，人体阴阳就会失调，疾病就容易复发。由于肾气不足故多伴有腰膝酸软，浑身乏力。阴虚者，则多有五心烦热，失眠多梦，遗精早泄，舌红少苔，脉象细数。肾阳不足者，则多有手足不温，少腹拘急，舌淡苔薄，脉象沉细。治疗法则以补肾为主，佐以解毒除湿。常用方药为六味地黄丸加减：生熟地各10g 山药15g 山萸肉10g 枸杞子10g 茯苓15g 泽泻10g 丹皮10g 板蓝根10g。
方中生熟地滋补肾阴；山药、山萸肉、枸杞子滋补肝脾肾三阴；茯苓、泽泻、丹皮乃补中有泻；板蓝根清泻余毒。如阴虚火旺者，加女贞子10g，知母10g；肾阳不足者，加制附片10g ，肉桂10g，仙灵脾10g。
阴虚内热，表现：殖器疱疹,反复发作,日久不愈,渗液较少。伴咽干唇燥,五心烦热。舌红绛,苔花剥,脉细数。可用中成药：①知柏地黄丸,每次9克,每日2次,空腹时温开水送服。②大补阴丸,每次9克,每日2～3次,淡盐汤或温开水送服。
事实证明，常用的一些中药外洗方或外治方，可以减轻生殖器疱疹的疼痛和症状，内治和外治结合起来可提高疗效。以下是常用的中药外洗方和外治方。
(1)马齿苋30g，野菊花30g，黄柏30g，煎汤约200mL外洗，每日2次，每次洗敷15分钟。
(2)木贼草30g，板蓝根30g，煎汤约200mL外洗，每日2次，每次30分钟 3)芒硝100g兑入沸水300mL，待凉后外洗患部。
(4)取鲜半边莲适量，洗净后捣如泥，敷于患处，盖上纱布，每日换药1～2次。
(5)取青黛散适量，加入香油调成糊剂，用时涂于患处，每日换药1次。
建议：对于生殖器疱疹的患者，必要的忌口是防止复发的必要条件。如常吃辛辣发物，抽烟饮酒
食疗方：
(1)薏仁粥
组成 薏苡仁60g
用法 加水适量，煮粥，加入白糖适量食用，每日1次。
适应证 用于阴部疱疹缓解期，具有健脾利湿、清热解毒之效，长期应用可减少复发。
(2)苦瓜饮
组成 鲜苦瓜适量。
用法 绞汁1杯，开水冲服。
适应证 本饮具有清热解毒利湿之功，可用于阴部疱疹中医辨证属于毒热夹湿者。
