病人的废弃物品必须焚毁，所有受到污染的物品也尽可能焚毁。污染的环境和不能焚毁的物品使用有效方法消毒。病人出院或死亡后，病人所处的环境应行终末消毒。
消毒原则
污染物品的消毒：如果确实检出炭疽芽孢杆菌，检出细菌的物件应在公安机关取证后，焚烧或121摄氏度30分钟至2小时（视物件的大小）高压灭菌。其他物品价值不高者尽可能焚毁，不能销毁者以环氧乙烷消毒；病人及接触者穿着的表面衣物应焚毁。
污染外环境的消毒：以含氯或戊二醛的消毒剂反复处理，直到连续3次采样不能检出炭疽芽孢杆菌为止。
1、炭疽病人和牲畜的排出物消毒
炭疽病人和牲畜的排出物宜使用新配制的含氯消毒剂乳液消毒,可使用二倍量的20%漂白粉.或6%次氯酸钙(漂粉精)与排出物混合,作用12小时后再行处理。
2、污染表面消毒
污染物体的坚固表面.如墙面、地面,家具等.可喷雾或擦洗消毒。可用含氯消毒剂如5~10%二氯异氰尿酸(优氯净)或氧化剂如2%过氧乙酸(每平方米表面8ml)。
3、污染毛皮、衣物或纺织品消毒
低价值的污染物品应尽可能焚毁，可耐高压消毒者可用高压灭菌器灭菌，无法用高压处理者，可装入密闭的塑料袋内，每立方米加入50 g环氧乙烷消毒。
4、污染水体消毒
被炭疽芽孢污染的水源应停止使用.使用含氯消毒剂使有效氯浓度达200mg/l,待检查不再存在炭疽芽孢杆菌后方可恢复使用。
5、污染土壤消毒
土壤被炭疽芽孢杆菌污染时应首先查明污染的范围，被污染的土地应避免耕耘、开挖和用于放牧牲畜。应使用20%漂白粉液每平方米1 000 ml，待漂白粉液渗入地面数小时后，将地表土20 cm挖起，坑内每平方米撤入漂白粉干粉20～40g，再将挖起的土壤与20%漂白粉液充分混合，填入挖出的坑中。
6、病房终末消毒
病人出院或死亡，病房应以甲醛熏蒸处理。紧闭门窗后，按0.8kg/m2甲醛加热蒸发，次日经通风处理后才能恢复使用。
7、消毒效果考核
消毒效果必须通过取样进行细菌分离培养确定,连续三次取样,按照《消毒技术规范》所规定的程序,不能检出具有完整毒力的炭疽芽孢杆菌时方可认为已消除了炭疽芽孢杆菌的污染。
