对银杏树小苗过程，播种或扦插土壤消毒前，是非常重要的一步，会破坏土壤中的细菌，以保证银杏树小苗生长安全。大量的消毒方法，但该方法的应用效果较好的有以下六种：
1、多菌灵消毒：多菌灵防治多种真菌病害，由子囊菌纲和半知菌纲效应引起的疾病是显而易见的。50%可湿性粉剂消毒土壤，1.5克每平方米施，可防治根腐病，茎腐病，叶枯病，灰斑病，它可以按照1:20的比例是毒素出世在床上，能有效地预防和治疗该病苗期。
2、五氯硝基苯消毒法：银杏树小苗每平方米苗圃75%五氯硝基苯4克，5克的代森锌，两药混合，然后拌细土12公斤。撒下垫盖。防治土壤的炭疽病，叶枯病，猝倒型控制方法，菌核病的影响。
3、硫酸亚铁消毒：银杏树小苗土壤用3%溶液，0.5公斤每平方米的液体，苗枯病可以防止针叶植物；桃，李曲叶病。同时，还对缺铁黄化银杏苗木或其他花的症状。
4、波尔多消毒：每平方米苗圃当量（即：硫酸铜：以示海：水= 1:1:100）含2.5公斤，jiasaili粉10克土，待稍干土种植扦插。显然，为了防止黑色斑点，灰霉病，叶斑病，炭疽病，锈病，等。
5、代森铵消毒：银杏树小苗代森铵有机硫杀菌剂，杀菌力强，能渗入植物，分解后的植物有一定的影响。50%水溶性代森铵350倍液，每平方米苗床土壤水3公斤稀释，可以对银杏苗或其他花卉，控制黑斑病，霜霉病，白粉病，枯萎病，各种疾病，可以有效地控制灯泡的灯泡。
6、福雷马林消毒：银杏树小苗每平方米苗圃福雷马林50毫升加水10公斤均匀喷洒于表面，然后用草袋或塑料薄膜盖，闷10天左右开盖，气体逃逸，2天后将种植扦插。有对立枯病，防治效果好斑，角斑病，炭疽病。
