隐性基因指的是能够支配隐性性状的基因，它是在二倍体的生物中在杂合状态时就不能显示出来的基因，而在纯合状态时才能够在表型上显示出来的基因就称为隐性基因。在遗传学中，基因都是成对组合遗传的，也就是孩子的基因是由父亲一方的一条基因链和母亲一方的一条基因链组合而成的，只有两条基因链组合才会发育成为一个个体。隐性基因是用来形容一种等位基因的，它只会在该生物的基因型为同质基因型，才会影响到表现型。在书写方面，隐性基因通常习惯用小写英文字母表示。
在遗传过程，能够称为隐性遗传等位基因只有两种可能，其中一种是隐性，一种指的是显性。也可能会有多于一个等位基因是显性的，这种情况叫共显性。由于隐性基因疾病较难以从表现型发现，许多著名的遗传病都是隐性的。在配对的过程中，存在两种配对的情况，一种是杂合子，一种是纯合子。杂合子就是由两种不同基因组合而成的，它们会配对称为Aa组合，一个基因是从父亲那里遗传得到的，一个则是从母亲那里得到的，这就意味着父亲和母亲就必须拥有不同的基因组合或是两个都是Aa组合，只有这样才能够在不变异的情况下拥有杂合子。在杂合子中，表现出来的是哪种特征就说明哪种基因占上风，在生活中，通常是显性基因是占上风的。
基因所表现出来最直接的就是关于人的外貌，人的外貌就是由这些不同性质的基因控制的，比如人的单眼皮、双眼皮，皮肤的颜色，鼻梁的高低等都是由各种基因决定的。在显性基因中，常能形成通一种有功能的物质，它的隐性等位基因则由于相应的核苷酸发生了突变而不能产生这种物质，所以在杂合体中只有显性基因能表现出正常的功能(显性)，而隐性基因则不能表现。特别是催化细胞化学反应的酶，用量极微，而且可以循环使用，所以单靠显性基因所产生的酶，就可以维持正常的表型，于是隐性基因的效应就被掩盖起来。隐性基因表现为aa。显性基因为AA或Aa。
