扁桃体是一对扁卵圆形的淋巴器官，扁桃体位于消化道和呼吸道的交会处，此处的粘膜内含有大量淋巴组织，是经常接触抗原引起局部免疫应答的部位。位于扁桃体窝内。口咽外侧壁在腭咽弓和腭舌弓之间的三角形凹陷称为扁桃体窝;粘膜上皮向实质内下陷形成不陷窝，称扁桃体小窝。
子腭舌弓遮盖住扁桃体前下部分。上端未被覆盖的部分由结缔组织构成的扁桃体体囊包绕，此囊仅借疏松结缔组织与咽肌相连。此处常是扁桃体周围脓肿形成部位。咽淋巴环由腭扁桃体、咽扁桃体、咽鼓管扁桃体、舌扁桃体组成。口咽部上皮下的淋巴组织团块。在舌根、咽部周围的上皮下有好几群淋巴组织，按其位置分别称为腭扁桃体、咽扁桃体和舌扁桃体。
扁桃体的被膜是一层致密的结缔组织，它的作用是把腭扁桃体与邻近器官隔开，有阻止腭扁桃体感染扩散的屏障。扁桃体可产生淋巴细胞和抗体，故具有抗细菌抗病毒的防御功能。当机体因过度疲劳、受凉等原因而使抵抗力下降，上皮防御机能减弱，腺体分泌机能降低时，扁桃体就会遭受细菌感染而发炎。若扁桃体炎反复发作并对全身产生不利影响时，可以考虑将扁桃体用手术摘除。
扁桃体的结构有腭扁桃体、咽扁桃体和舌扁桃体。它的常见症状 如畏寒、发热、头痛是青少年的常见病;还有慢性扁桃体炎等;其反复发作会诱发其他疾病。治疗方式有食疗、茶疗、切除手术等;患者平时要增强体质，饮食宜清淡，不吃辛辣刺激性食物，戒除烟酒等。但在风湿热及肾炎等全身症状未控制时不宜手术或在脊髓灰白质炎及流感等时最好不要采取手术。
