遗传漂变(Genetic drift)是指当一个族群中的生物个体的数量较少的时候，下一代的个体容易因为有的个体没有产生后代，或者是有的等位基因没有传给后代，因此和上一代有不同的等位基因频率。一个等位基因可能在经过一个以上的世代后，因此在这个族群中消失，或成为固定唯一的等位基因。这种现象被叫为“遗传漂变”。
一般情况下，族群的生物个体的数量越少，族群中基因就更容易发生遗传漂变。即生物个体和选择、突变、近亲繁殖等等都是影响等位基因频率的因素。这种波动变化让某些等位基因的消失，另一些等位基因的固定，改变了群体的遗传结构。在大群体中，不同基因型个体所生子女数的波动，对基因频率不会有显著的影响。而小群体的人数少，并与总人群相互隔离，这一类社会和地理因素形成的小群体，A基因固定(A=1)，而a基因人很少，a基因的人如无子女，则a基因就会较快在人群中消失，造成此小群体中基因频率的随机波动。这种漂变受群体大小影响，而群体越小，漂变速度越快，甚至1-2代就造成某个基因的固定和另一基因的消失从而改变其遗传结构，则大群体漂变则慢，随机达到遗传平衡。例如：在一个种群中，某一种基因的频率为1%，假如这个种群有100万个个体，含这种基因的个体就有成千上万个。假如这个种群只有50个个体，最后就只有1个个体具有这种基因。就在这样的情况下，可能会由于这个个体的偶然死亡或没有交配，而使这种基因在种群中消失。这种现象被称之为遗传漂变。但是有一些异常基因频率在小隔离群体中特别高，可能是由于该群体中中少数始祖所具有的基因，因为遗传漂变达到较高水平，这种现象称为建立者效应(founder effect)。例如，太平洋的东卡罗林岛中有5%的人患先天性失明。而在18世纪末，因台风侵袭后岛上只有30人，由他们繁殖成今天1600余人的小群体，这5%的失明，由于只是最初30人建立者的某一个人是携带者，因为其基因频率q=1/60≈0.016，经过世代的隔离繁殖，基因频率很快上升至0.22，这就是建立者效应。
