自身免疫是指机体免疫系统针对自身抗原发生免疫应答，产生低水平的抗体和致敏淋巴细胞的现象。它在正常情况下，动物的免疫系统只对自身以外的异物抗原发生反应，但由于某些原因对自身构成成分引起免疫反应时，则称为自身免疫。
自身免疫一般可分为以下两种情况：1.像脑实质、眼球、精子等的抗原那样，通常与免疫系统隔离的抗原，由于组织的炎症及其他原因而渗出组织外，或由于淋巴细胞向组织浸润而引起免疫反应。所以，这种情况的免疫反应对个体来说尽管是自身免疫，但就免疫系统来说是同对异物抗原的免疫反应一样的。2.参与免疫的淋巴系细胞(免疫活性细胞)虽常同自身成分接触，但后者不属于反应的对象(免疫耐受性)。可是，由于某些原因导致免疫活性细胞群的耐受性失效时，就会引起自身免疫。
健康个体的体内,存在一定量和自身反应性T细胞,他们在维持免疫系统自稳状态中发挥作用。例如正常人血清中可检出抗独特型抗体，抗核抗体，抗线粒体抗体，类风湿因子(rheumatoid factor,RF)等多种自身抗体。某些自身抗体可能具有重要的生理学功能。正常抗体具有自身免疫调节功能，产生极弱的自身抗体。病人由于免疫调控功能缺陷，导致机体对自身细胞抗原产生反应，表现为以细胞介导的细胞毒性作用和细胞表面特异性抗原与自身抗体结合而产生的免疫反应。
自身免疫是指机体对自身组织成分或细菌抗原失去免疫耐受性，导致免疫效应细胞或自身抗体的产生，并造成自身损害的过程。自身免疫在许多情况下是生理性的，除了防御自然界的损害外，还有机体内部的监视功能，能保护正常组织细胞，清除衰老和突变的细胞。
