用物理阻留的方法除去介质中的微生物称为过滤除菌。在大多数情况下过滤只能除去微生物，而不能将之杀死，处理时，必须使要消毒的物质通过致密的滤材才能将其小的微生物滤除，因此，本法只适用于对液体与气体等流体物质的处理。但是，乳剂、水悬剂过滤后．剂型即被破坏，故不宜使用。过滤除菌对液体中微生物滤除机理为：①毛细管阻留；②筛孔阻留；③静电阻留。对空气中微生物滤除机理为：①随气流阻挡；②重力沉降；③倾性碰撞；④静电吸附；⑤扩散粘留。