纤维素酶对纤维素的作用机理纤维素酶水解纤维素是β-1，4-内切葡聚糖（纤维二糖水解）酶（EG，Endo-β-Glucanase）,β-1,4-外切葡聚糖（纤维二糖水解）酶（CBH,Cellobiohydrolase）和β-葡萄糖苷酶（BG, β-Glucosidase）协同作用下进行的。首先，EG酶随机水解切断无定型区的纤维素分子链，使结晶纤维素出现更多的纤维素分子基端，为CBH酶水解纤维素创造条件，CBH酶的水解产物纤维二糖则由BG酶水解成葡萄糖，因而纤维素酶水解纤维素的过程可以简单表示为：EG→CBH→BG。
 目前的研究表明，EG酶实际上至少包括EGⅠ、 EGⅡ、 EGⅢ和 EGⅤ四种，CBH至少包括CBHⅠ和CBHⅡ两种。
 
 　　另外一种理论认为：纤维素酶是由葡聚糖内切酶（Cx酶）、葡聚糖外切酶（C1酶）、β-葡萄糖苷酶三个主要成分所组成的诱导型复合酶系。其中C1酶起水化作用，它作用于不溶性的固体表面，使形成结晶结构的纤维素链开裂，长链分子的末端部分游离，从而使纤维素链易于水化。Cx酶随机水解非结晶纤维素、可溶性纤维素衍生物和葡萄糖的β-1,4-寡聚物，葡萄糖苷酶将纤维二糖和纤维三糖水解成葡萄糖。该假说的基本降解模式如下：
 
 　　结晶纤维素-C1→无定形纤维素-Cx→纤维二糖-β-葡萄糖苷酶→葡萄糖 此外，Coughlan认为结晶纤维素的降解是一个多步骤过程，并认为原初反应即无序反映（Amorphogenesis）使纤维素的结晶状态发生改变，便于随后的纤维素水解。还有学者认为纤维素的降解中存在短纤维形成现象，他们认为天然纤维素首先在一种非水解性质的解链因子或解氢键酶作用下，使纤维素链内或链间的氢键打开，从而形成短纤维。