利用一些生物来杀灭或去除病原微生物的方法叫生物消毒法。在自然界，有的生物在新陈代谢过程中，往往形成不利于病原微生物存活的环境而将它们杀灭。例如，污水净化可通过缺氧条件下厌氧微生物的生长来阻碍需氧微生物存活；粪便、垃圾的发酵(堆肥)可利用嗜热细菌繁殖时产生的热杀灭病原微生物。此外，水的慢砂滤洁治，可依靠一些生物在新陈代谢过程中形成的生物膜将微生物滤除。