一般人认为，志贺菌感染的诊断比较容易，以为出现腹泻便可诊断为志贺菌感染，实际上很多疾病可出现腹泻，有腹泻者不一定是感染性腹泻，更不一定是志贺菌感染。
专家表示，在传染病领域内，志贺菌感染的误诊率较高。因此，诊断志贺菌感染一般可以通过以下手段进行检查。
血象。急性志贺菌感染常有白细胞增多；中性粒细胞增多，核左移，慢性病例有轻度贫血。
粪便检查。流行季节有腹泻或有肠道功能紊乱者，都应该进行粪便检查。
快速病原学诊断，包括免疫荧光菌球法，增菌乳胶凝集法，协同凝集试验，免疫艳蓝染色法，可以快速从粪便中获得阳性结果，对志贺菌感染的早期诊断有一定帮助。
单克隆抗体点免疫结合夹心法（DIAB）及反向间接血凝法。
DNA探针法。有人采用碱性磷酸酶标记的探针和粪便标本进行杂交，早期阳性率可达85%，较常规培养阳性率56%显著增高，增加了早期诊断阳性率。
X线检查。慢性志贺菌感染进行钡餐或钡剂灌肠，可见肠道痉挛，袋形消失，肠壁增厚，肠腔狭窄及肠段缩短等改变。
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