新型疫苗与"传统疫苗"相对，采用现代生物科学技术生产制造出来的疫苗，是近些年来新发展的疫苗。

新型疫苗主要包括基因工程亚单位疫苗、重组疫苗、合成肽疫苗、基因工程载体疫苗、核酸疫苗和抗独特型抗体疫苗等。

亚单位疫苗是去除病原体中与激发保护性免疫无关的甚至有害的成分，保留有效免疫原成分制成的疫苗。结合疫苗是将细菌荚膜多糖成分化学连接于白喉类毒素，为细菌荚膜多糖提供了蛋白质载体，使其成为T细胞依赖性抗原目前已获准使用的结合疫苗有b型流感杆菌疫苗、脑膜炎球菌疫苗和肺炎球菌疫苗等。细菌荚膜多糖具有抗吞噬作用，可保护细菌免受机体吞噬细胞的吞噬。提取细菌荚膜多糖制作的多糖疫苗早已应用。荚膜多糖属于T细胞非依赖性抗原，不需T细胞辅助而直接刺激B细胞产生IgM类抗体，不产生记忆细胞，也无Ig的类别转换。合成肽疫苗是根据有效免疫原的氨基酸序列，设计和合成的免疫原性多肽，以期用最小的免疫原性肽来激发有效的特异性免疫应答。目前研究较多的是抗病毒感染和抗肿瘤的合成肽疫苗。基因工程疫苗包括重组抗原疫苗，重组载体疫苗，DNA疫苗，转基因植物疫苗。