功能性治愈是指将感染者体内的病毒完全抑制住从而确保感染者机体的免疫功能的正常发挥，从而达到即便感染者不再接受任何相关治疗的情况下，用常规方法也难以在患儿血液中检测出相应病毒的效果。最主要的应用案例就是在艾滋病患者身上。

在全球唯一一个获得完全治愈的艾滋病患者是美国人蒂莫西·布朗。2007年，他因治疗白血病而接受骨髓移植，并且骨髓捐赠者机体具有天生携带的抗艾滋病病毒的变异基因。因此术后布朗即使并没有摄入治疗艾滋病的药物，却也能够不受任何影响地正常生活。

根据相关调查结果，研究人员说:"对新生儿进行抗逆转录病毒治疗后可以阻止体内藏匿的艾滋病病毒感染宿主细胞，该疗法能够清除、抑制该病毒，在非终身治疗的情况下实现'功能性治愈'。" 此外，研究人员还表示，要做到彻底根除艾滋病病毒，即"根本性治愈"艾滋病在当前来说还是比较难以实现的。

关于功能性治愈的痊愈意义，研究人员认为，对新生儿在感染艾滋病病毒数小时或数天内使用抗逆转录病毒疗法，该疗法或许成功阻止了艾滋病病毒在孩子的免疫细胞中占领一席之地，从而可能达到完全抑制艾滋病病毒的效果。关于该项治疗的发展，研究人员计划在2014年启动一项试验，从来来验证这种治疗方式是否具有预期的应有效果。

目前，为防止母亲携带艾滋病病毒的高风险新生儿感染，医生在临床上通常会采取预防性剂量的抗病毒药物对患者进行治疗，而且只有在确诊感染后，才会改用治疗性剂量。