重叠感染，又称二重感染，菌群交替症(microbial selection and substitution)或菌群失调症(dysbacteriosis)。是微生态平衡被破坏的严重后果，即原来的正常菌群大部分被抑制，只有少数菌种占绝对优势的状态。往往是使用抗菌药物治疗或预防某些微生物感染过程中发生的一种新感染。

临床上表现为急性状态，病情凶险。如葡萄球菌与艰难梭菌引起的伪膜性肠炎等。变形杆菌、铜绿假单胞菌、白假丝酵母菌、肺炎克雷伯菌及大肠杆菌等，均可引起。