自然情况下,微生物常与很多其他物质混在一起。这些物质往往会影响到消毒处理的效果。例如.蛋白质、油脂类有机物包围在微生物外面可妨碍各种消毒因子的穿透。在化学消毒中,有机物本身更可通过化学反应消耗一部分消毒刑。受有机物影响较大的有升汞、次氯酸盐、季铵盐类消毒剂、乙醇等.条件允许时,将污染物品清洗后进行消毒,效果更好。
此外,对于化学消毒,还可有其他枯抗物质。例如,季铵盐类消毒剂的作用可被肥皂或阴离子洗涤别所中和;次氯酸盐的作用可被硫代硫酸钠中和;过氧乙酸的作用可被还原剂所中和。这些现象在消毒处理中都应避免发生。