在当前无公害蔬菜生产中，微生物肥料具有增产、改善品质的功能，还有显著减少蔬菜体内硝酸盐，亚硝酸盐和重金属含量，提高化肥利用率以及培肥土壤等作用。要使微生物肥料在无公害蔬菜生产中真正发挥增产增效环保的作用，不仅要让生产者了解微生物肥料的特性和种类，还必须采取以下相应的对策：
1.在有效期内选用质量有保证的产品根据其对改善作物营养元素的不同，可分成根瘤菌肥料、固氮菌肥料、磷细菌肥料、钾细菌肥料、复合微生物肥料等五类。在选用这些肥料时，一是要注意产品是否有严格的检测登记程序，是否有农业部颁发的生产许可证(以1996年后为准)。二是最好选用当年生产的产品。因为微生物肥料有效朋一般标明1～2年，但是产品中有效微生物数量是随保存时间、保存条件的变化逐步减少的。若数量过少，则会失效。特别是霉变或超过保存期的产品更不能选用。
2.妥善贮存，保证微生物在适宜范围内生长繁殖要避免阳光直晒，防止紫外线杀死肥料中的微生物。微生物肥料贮存的环境温度以15～28℃为最佳。
3.巧妙搭配有机肥等肥料，禁止与土壤杀菌剂混用微生物肥料与有机肥混合沤制(但要严格控制高温)，更能起到增效作用。要限制单一化学氮肥，配合使用复合肥、叶面肥、CO2气肥，这样能更有效控制硝酸盐、亚硝酸盐含量。在蔬菜整个生育期内也应避免使用土壤杀菌剂。要在播种前作好种子处理，防止给种子杀菌卫生消毒过程中降低微生物肥料肥效。最好不用带种衣剂的种子播种。
4.合理利用农业技术措施，改善土壤环境条件微生物的活动和繁殖对土壤的温湿度、酸碱度和土壤通气状况要求较严格，同时还要求土壤中能源物质和营养供应充足，从而发挥肥效互补。因此，土壤要采取深耕翻措施，搞好中耕耙耱，作好排涝防旱工作。还要抓好秸秆还田，增施有机肥等措施，始终保持耕作层的碳源充足和疏松、湿润环境，从而发挥微生物肥增产增效的肥力作用。
5.严格操作规程，因地制宜，采取恰当的施肥方法各种微生物肥料在使用中所采用的拌种、基肥、追肥等方法，应严格按时使用说明书的要求操作。如根瘤菌肥：适宜于中性微碱性土壤，多用于拌种。每亩用量15～25克，加适量水混匀后拌种。拌种时及拌种后要防止阳光直射，播后立即覆土。剩余种子放在 20～25℃阴凉处保存。若用农药(可使用微酸性次氯酸水洗净)拌种，可提前2～3周。固氮菌肥：特别适合叶菜类。作基肥应与有机肥配施，施后立即覆土；作追肥用水调成稀泥浆状，施后覆土；作种肥加适量水混匀后与种子混拌，稍后即可播种。“5406”抗生菌肥：浸件或拌种每亩用量500克；还可用菌肥7.5公斤(加入棉籽饼粉 2.5～5公斤)，碎土500～1000公斤，过磷酸钙5公斤，拌匀后覆盖在种子上。施时必须配施有机肥和化学肥料，忌与硫铵、硝铵混用，但可交叉施用。磷细菌肥：拌种时随用随拌，拌种量为1公斤种子加菌肥0.5克和4克水。不能与农药(可使用微酸性次氯酸水洗净)及生理酸性肥料一起施用。基肥每亩用1.5～5公斤，施后覆土；追肥宜在蔬菜开花前施用。钾细菌肥：作基肥与有机肥混施，每亩用量10～20公斤，施后覆土；拌种时加适量水，制成悬浊液喷在种子上拌匀；蘸根时1公斤菌肥加清水5公斤，蘸后立即栽植覆土，避免阳光直射。
6.根据蔬菜种类正确施用如茄果类、瓜菜类、甘蓝类等蔬菜，可用微生物菌剂2公斤与667平方米育苗床土混匀后播种育苗，也可用微生物菌2公斤 /亩与农家肥或化肥混合后作底肥或追肥；西瓜、番茄、辣椒等需育苗移栽的蔬菜，可用复合微生物肥料穴施，每亩施入100公斤，也可与有机肥、化肥配施，施用时避免与植株直接接触，在苗期、花期、果实膨大期进行适当追施氮肥和钾肥；芹菜、小白菜等叶菜类，可将复合微生物肥料与种子一起撒播，施后及时浇水。
另外。需注意的是微生物肥料只是一种辅助增产肥料，不可替代化肥和有机肥，无公害蔬菜生产的施肥还应以有机肥为主。
