很多养猪生产者都熟悉猪舍的现代清洗和卫生消毒规程。但是，这些规程常常没有被正确地应用。由比利时佛兰德动物保健中心（Animal Health Care Flanders.DGZ）完成的研发发现。已经在养禽业中使用了很长一段时间的微生物监测法也可以在猪舍中使用，以检查猪舍清洗和卫生消毒措施的效率。
正确地清洗和卫生消毒（Cleaning and Disinfection.C&D）猪舍对控制各种猪病的发生起着非常重要的作用。然而，这里要强调的是，猪舍的C&D规程并没有被正确地执行。因而对猪消化道、呼吸道及繁殖性疾病的发生带来了很大的风险。断奶后多系统衰竭综合症（PMWS）的爆发就是一个很好的例子。清洗和卫生消毒在欧洲最新的沙门氏菌净化法规中也将起到重要的作用。
清洗和卫生消毒措施的效率完全取决于C&D规程中所有步骤执行的结果和准确性。这也就是为什么比利时卫生保健公司Cid Lines 公司创建了一个包含多个猪舍清洗步骤的卫生方案的原因。
用水浸湿猪舍6h以上使污物发软。并使之溶解。有两种浸湿方法：一是为缩短实际清洗的时间。在实际的清洗前用卫生消毒剂浸湿；二是为提高卫生消毒的效果，在实际的清洗后用卫生消毒剂浸湿。
由于卫生消毒剂本身的湿润性，应用后增强了水渗透到污物内的能力。之后，它可以溶解排泄物的油脂并加速生物膜的破坏。因此，在清洗期间悬浮的软化污物更容易被清除。最好在主要清洗步骤前对受到严重污染的肥育舍使用卫生消毒剂。在主要清洗步骤之后使用卫生消毒剂可以提高清洗的效率。因此。可以获得更好的卫生消毒效果。分娩舍这类污染较少的猪舍中通常倾向于采用此方法。这也是标准清洗卫生消毒规程中极好的方法。
发泡
泡沫可以增加卫生消毒剂与生物表面接触的时间。发泡产品在凹凸不平的墙上会产生很好的渗透作用。它不会很快从此墙上流掉。而且使用时只需用少量的产品和较少的时间。最后泡沫可提高卫生消毒剂的能见度。利用此方法。人们会更好地记住要对边缘或角落进行清洗卫生消毒。
第二次卫生消毒
热雾喷雾卫生消毒法是一种在密闭畜舍中喷洒温热、极端稀薄雾气的卫生消毒方法。由于雾气温度和表面积上的差异，会在猪舍内物体的所有表面形成一层凝结层。利用热雾生成器进行的第二次卫生消毒会取得更好的卫生消毒效果。
为了使清洗和卫生消毒成为猪场管理的重点。养猪生产者将良好的生物安全措施看作不叫掩饰的必需品是一种明智的行为。
